どうやら iOS9 から viewWillAppear では部品の位置が確定しなくなったらしく、viewWillAppearに部品配置コードを入れても部品が正しく配置されなくなったようだ。(古いコードの流用で Autolayout 不採用)
もともと viewWillAppear で部品の位置が確定される、という情報があったわけではないがこれまでは普通に動いていたので、できればそのままでいきたかった。
stackoverflow でも同じレポートがされているようで、とりあえず回避するには viewDidLayoutSubviews にコードを移動しておけばよさそうだ。実際試してみたところうまくいった。